Saccharomyces cerevisiae (R64-1-1)
Description

UBX domain-containing protein that interacts with Cdc48p; involved in degradation of polyubiquitinated proteins via the ERAD (ER-associated degradation) pathway; modulates the Cdc48p-Nplp-Ufd1p AAA ATPase complex during its role in delivery of misfolded proteins to the proteasome; protein abundance increases in response to DNA replication stress [Source:SGD;Acc:S000004671]

Location
About this transcript

This transcript has 1 exon, is annotated with 15 domains and features, is associated with 36 variant alleles and maps to 29 oligo probes.

Gene

This transcript is a product of gene YMR067C Show transcript tableHide transcript table

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NameTranscript IDbpProteinBiotypeUniProtRefSeqFlags
UBX4YMR067C_mRNA1251416aa
 
Protein coding
P54730 -Ensembl Canonical
Codons
  • Alternating codons
  • Alternating codons
Exons
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Variants
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Other
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Markup
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     1 ATGCCTATGGTTACCGTGAAGTATAACTTCCAACTTTTCAAATGTAAAGTTTCGTTGAAT     60
     1 ATGCCTATGGTTACCGTGAAGTATAACTTCCAACTTTTCAAATGTAAAGTTTCGTTGAAT     60
     1 -M--P--M--V--T--V--K--Y--N--F--Q--L--F--K--C--K--V--S--L--N-     20

                                                                          
    61 TCAACACTAAACGATGTGTTACACCAATCCATACAATTCTTTCAACTGCACACCTCGTCA    120
    61 TCAACACTAAACGATGTGTTACACCAATCCATACAATTCTTTCAACTGCACACCTCGTCA    120
    21 -S--T--L--N--D--V--L--H--Q--S--I--Q--F--F--Q--L--H--T--S--S-     40

                                                                          
   121 AACGACTGGTCATTGATACATTTGGATAAACCGGTGCCATTAGATTTGCCATGGAGGCTT    180
   121 AACGACTGGTCATTGATACATTTGGATAAACCGGTGCCATTAGATTTGCCATGGAGGCTT    180
    41 -N--D--W--S--L--I--H--L--D--K--P--V--P--L--D--L--P--W--R--L-     60

                                                                          
   181 CTAAACTTACCAACGGGTGTCAACTTAGAATTATCTAAAAGTAGTAATTTTCCGGTGGCG    240
   181 CTAAACTTACCAACGGGTGTCAACTTAGAATTATCTAAAAGTAGTAATTTTCCGGTGGCG    240
    61 -L--N--L--P--T--G--V--N--L--E--L--S--K--S--S--N--F--P--V--A-     80

                                                                          
   241 AATAAGACCAACCGCGAAGATATTCCATTCAATACGATCAAAATACGGTTTCAAATCCCA    300
   241 AATAAGACCAACCGCGAAGATATTCCATTCAATACGATCAAAATACGGTTTCAAATCCCA    300
    81 -N--K--T--N--R--E--D--I--P--F--N--T--I--K--I--R--F--Q--I--P-    100

                                                                          
   301 GGAAGAGATTCCGTGGTTAAAGAAATGCCATCTGACCAACCAATTGCCCCTATCTTGCGA    360
   301 GGAAGAGATTCCGTGGTTAAAGAAATGCCATCTGACCAACCAATTGCCCCTATCTTGCGA    360
   101 -G--R--D--S--V--V--K--E--M--P--S--D--Q--P--I--A--P--I--L--R-    120

                                                                          
   361 CAGATGAGCGGCGCTGCGGGAGATGATTTTAAGATCCAGGTCTTTTCCAAGATAATAGAG    420
   361 CAGATGAGCGGCGCTGCGGGAGATGATTTTAAGATCCAGGTCTTTTCCAAGATAATAGAG    420
   121 -Q--M--S--G--A--A--G--D--D--F--K--I--Q--V--F--S--K--I--I--E-    140

                                                                          
   421 TTCAAAACAATTAAGGATGAGAATTTGACTCTCGAAAATTTAGGGATTCAGGAGCCTTCG    480
   421 TTCAAAACAATTAAGGATGAGAATTTGACTCTCGAAAATTTAGGGATTCAGGAGCCTTCG    480
   141 -F--K--T--I--K--D--E--N--L--T--L--E--N--L--G--I--Q--E--P--S-    160

                                                                          
   481 TCAGTTAGATTGATTTTTAATAATACATCTCATTCTGAGGGCATTAGCGCTAATAGCGCT    540
   481 TCAGTTAGATTGATTTTTAATAATACATCTCATTCTGAGGGCATTAGCGCTAATAGCGCT    540
   161 -S--V--R--L--I--F--N--N--T--S--H--S--E--G--I--S--A--N--S--A-    180

                                                                          
   541 ATTCACCCAAAACAAACTCCCCCTACGATGACGAACCCGGAAACGGTTGCTTCACTACCA    600
   541 ATTCACCCAAAACAAACTCCCCCTACGATGACGAACCCGGAAACGGTTGCTTCACTACCA    600
   181 -I--H--P--K--Q--T--P--P--T--M--T--N--P--E--T--V--A--S--L--P-    200

                                                                          
   601 CCTCACGAACTACATAAACCTTCTGTGTTTTTGCCCTCGGATGAGCCATTAGCAGTTATC    660
   601 CCTCACGAACTACATAAACCTTCTGTGTTTTTGCCCTCGGATGAGCCATTAGCAGTTATC    660
   201 -P--H--E--L--H--K--P--S--V--F--L--P--S--D--E--P--L--A--V--I-    220

                                                                          
   661 AAGGATCAAATCGAGGATGAAGAAGATTATGAATTGACAGTAGAACAAGCCAAGAAATAC    720
   661 AAGGATCAAATCGAGGATGAAGAAGATTATGAATTGACAGTAGAACAAGCCAAGAAATAC    720
   221 -K--D--Q--I--E--D--E--E--D--Y--E--L--T--V--E--Q--A--K--K--Y-    240

                                                                          
   721 CAAAAAATGTTATCATCGAAGGCTGGTACTTTGGGTGGTCCTATTTTGACAAAGAGACTT    780
   721 CAAAAAATGTTATCATCGAAGGCTGGTACTTTGGGTGGTCCTATTTTGACAAAGAGACTT    780
   241 -Q--K--M--L--S--S--K--A--G--T--L--G--G--P--I--L--T--K--R--L-    260

                                                                          
   781 AGAGAGCAATCAGCCAACAACTTGCCAAAGAAAAATAAGGCTATATCTGAGTGTTTGCTG    840
   781 AGAGAGCAATCAGCCAACAACTTGCCAAAGAAAAATAAGGCTATATCTGAGTGTTTGCTG    840
   261 -R--E--Q--S--A--N--N--L--P--K--K--N--K--A--I--S--E--C--L--L-    280

                                                                          
   841 AGAGTCAAGTTCCCCGATAGAAGCCATATTCAAATAGCATTCAAACCCAATGAAGACATG    900
   841 AGAGTCAAGTTCCCCGATAGAAGCCATATTCAAATAGCATTCAAACCCAATGAAGACATG    900
   281 -R--V--K--F--P--D--R--S--H--I--Q--I--A--F--K--P--N--E--D--M-    300

                                                                          
   901 CGTACAGTTTATAACGTCGTGTCGCAGTTCCTGATCGATGAGAACATGCCTTTTACGTTA    960
   901 CGTACAGTTTATAACGTCGTGTCGCAGTTCCTGATCGATGAGAACATGCCTTTTACGTTA    960
   301 -R--T--V--Y--N--V--V--S--Q--F--L--I--D--E--N--M--P--F--T--L-    320

                                                                          
   961 AACCAATCTCATCCTTTCAAACCCTTGGCTAAAGACGATAAGAAGCTACTGGATGACCTG   1020
   961 AACCAATCTCATCCTTTCAAACCCTTGGCTAAAGACGATAAGAAGCTACTGGATGACCTG   1020
   321 -N--Q--S--H--P--F--K--P--L--A--K--D--D--K--K--L--L--D--D--L-    340

                                                                          
  1021 GAATTTGGCTCTAAAACAATGCTGCTTTTTGAAACAAATTCAAATTCTAATGGCCCATTA   1080
  1021 GAATTTGGCTCTAAAACAATGCTGCTTTTTGAAACAAATTCAAATTCTAATGGCCCATTA   1080
   341 -E--F--G--S--K--T--M--L--L--F--E--T--N--S--N--S--N--G--P--L-    360

                                                                          
  1081 ATAAAGGCTCATCTTTTGGAAGACGCACAAAAAATCACACACGAAACGAGGACAACCCCA   1140
  1081 ATAAAGGCTCATCTTTTGGAAGACGCACAAAAAATCACACACGAAACGAGGACAACCCCA   1140
   361 -I--K--A--H--L--L--E--D--A--Q--K--I--T--H--E--T--R--T--T--P-    380

                                                                          
  1141 TCAGTTAATACGATAAATAAATCCAATCCACAGGGCCCTTCTGATAACGCTACAAGTATC   1200
  1141 TCAGTTAATACGATAAATAAATCCAATCCACAGGGCCCTTCTGATAACGCTACAAGTATC   1200
   381 -S--V--N--T--I--N--K--S--N--P--Q--G--P--S--D--N--A--T--S--I-    400

                                                                          
  1201 AAAAAGACTTTAAATAGAGTACCTAAATGGATGAAATTAAGTAAAAAATAA            1251
  1201 AAAAAGACTTTAAATAGAGTACCTAAATGGATGAAATTAAGTAAAAAATAA            1251
   401 -K--K--T--L--N--R--V--P--K--W--M--K--L--S--K--K--*-             416